物流业务发票种类繁多，不易监管。据不完全统计，我国目前物流业使用发票有普通运输业发票、服务业发票和行政事业性收费发票3大类，共20余种。这些发票都有不同的使用范围、标准和要求，繁杂的发票种类带来了多方面的负面影响，导致物流企业财务管理复杂，管理成本高，限制了业务集成和网络扩展；税务部门拉长了管控链条，增加了监管的难度，降低了征收执法的效果；物流企业所服务的生产型企业无法精确估算综合物流成本，影响企业产品成本分析和市场决策。
为此，联合会建议把物流业作为独立的行业对待，整合与物流业务相关的各类发票，推出统一的物流业专用发票。同时，为了解决开发票等问题，推行试点企业对个体车辆营业税代扣代缴并代开发票的政策，由税务部门认定的物流税收试点单位，在实际支付给个体运输户运费时代开发票，并按照税务部门确定的征收比例扣缴应纳税额，同时接受税务部门监管。
为防止物流企业为外雇车辆代开发票时，虚开给一般纳税人能抵扣增值税进项税额的运输发票，建议在代开的普通运输发票上加注“一般纳税人不能抵扣”字样，从根本上解决试点企业有效扣除凭证“取得难”问题，又从源头上堵住个体运输经营户营业税款流失的黑洞。
我国物流业目前使用的最重要的发票是“货物运输业发票”，按照现行政策规定，货物运输业的“自开票纳税人”，必须具有自备车辆，同时只有自备车辆运输的货物取得的收入才能开具货物运输业发票。也就是说，没有自备车辆，通过整合社会资源开展物流配送服务的企业不能取得自开票纳税人资格。很显然，此政策已经不能适应我国现代物流企业发展的实际情况。另外，“自开票纳税人”的认定也存在额度限制和属地限制等问题。联合会建议改进“自开票纳税人”的相关政策规定，首先对按照国家标准经评审认定的A级物流企业放宽限制，只要规范运作，加强管理，即使没有自备运输工具，也可以视同“自开票纳税人”；另外，铁路、航空货运发票自成体系、种类繁多，部分铁路、航空业务发票不能作为允许扣除的凭证。对于试点企业使用铁路、民航专业公司运力所产生的重复纳税问题，应该允许抵扣。